Trong những năm qua, công tác VSATTP đã đạt được những thành tựu nhất định. Tuy nhiên, theo thống kê báo cáo của các tỉnh, từ năm 2004 đến 2008, có 906 vụ ngộ độc thực phẩm với 5.212 người mắc và 35  trường hợp tử vong. Tỷ lệ ngộ độc thực phẩm trung bình năm 2009 là 6,08/100 nghìn dân, tỷ lệ tử vong là 0,04/100.000 dân/năm. Số người mắc tập trung trong các vụ ngộ độc xảy ra tại các bếp ăn tập thể, đám cưới, đám giỗ; số người tử vong tập trung ở các vụ ngộ độc tại các bếp ăn gia đình, thống kê với năm bệnh truyền qua thực phẩm (tả, lỵ trực trùng, lỵ amip, tiêu chảy, thương hàn) từ năm 2000 đến 2006, trong toàn quốc có 6.091.039 người mắc và 115 người chết. Kiểm tra về mặt hàng sữa năm tháng  đầu năm 2009 của 12 tỉnh, thành phố trọng điểm tại  1.088 cơ sở, trong đó có 20 cơ sở sản xuất. Số cơ sở vi phạm về điều kiện VSATTP 491 cơ sở (45,12%), tập trung chủ yếu vào các cơ sở kinh doanh quy mô nhỏ do tuyến huyện quản lý, bao gồm cả điều kiện vệ sinh cơ sở, trang thiết bị dụng cụ và con người. Lấy mẫu xét nghiệm 177 mẫu sữa bột các loại, bao gồm cả sữa sản xuất trong nước và nhập khẩu. Kết quả kiểm nghiệm mẫu đạt về hàm lượng prô-tít: 81,35%. Như vậy còn 20,84% số mẫu có  hàm lượng đạm thấp hơn so với công bố.

Theo Cục trưởng VSATTP (Bộ Y tế) TS Nguyễn Công Khẩn, có nhiều nguyên nhân dẫn đến tình trạng trên, nhưng một trong những nguyên nhân cơ bản là do việc chưa thấy và làm hết vai trò, trách nhiệm của các nhà sản xuất, chế biến và kinh doanh thực phẩm trong việc bảo đảm chất lượng vệ sinh an toàn đối với các sản phẩm của mình. Bảo đảm chất lượng VSATTP là bảo đảm cả chuỗi cung cấp thực phẩm từ "trang trại đến bàn ăn", từ lúc lựa chọn cây giống, đất, nước, môi trường nuôi, cấy đến thức ăn chăn nuôi, thuốc thú y, hóa chất bảo vệ thực vật, thu hái, bảo quản, chế biến, vận chuyển... Bất kỳ một mắt xích nào trong chuỗi thực phẩm  trên không bảo đảm cũng sẽ dẫn đến thực phẩm không an toàn cho người sử dụng. Ðáng chú ý, hiện nay tại nhiều chợ, thực phẩm và phụ gia, hóa chất ngoài danh mục cho phép, không rõ nguồn gốc, nhập lậu... được bày bán công khai. Tuy nhiên Ban quản lý chợ cũng như các ngành chức năng chưa có nhiều biện pháp triệt để nhằm kiểm soát vấn đề này. Ngoài ra, công nghệ chế biến thực phẩm còn thủ công, lạc hậu, tham gia sản xuất mang tính hộ gia đình, cá thể cho nên điều kiện VSATTP còn hạn chế... Bên cạnh đó, vai trò quản lý của các cấp, các ngành trong  từng khu vực chưa phát huy hết vai trò của mình. Nguồn nhân lực thanh tra, kiểm tra còn mỏng, xử phạt chưa đủ sức răn đe, chế tài xử lý chưa phù hợp, triệt để với từng nơi, từng đối tượng.

Cũng theo Cục trưởng Nguyễn Công Khẩn, muốn quản lý tốt VSATTP cần phải có ba công cụ: Pháp luật (luật thực phẩm và các tiêu chuẩn, quy chuẩn thực phẩm buộc tuân thủ); hệ thống thanh tra chuyên ngành; hệ thống kiểm nghiệm thực phẩm (là công cụ bằng chứng thuyết phục trong xét xử vi phạm và có đủ cơ sở khoa học để xây dựng tiêu chuẩn, quy chuẩn thực phẩm). Cần kiện toàn và nâng cao năng lực hệ thống tổ chức, thanh tra chuyên ngành, kiểm nghiệm về VSATTP; tăng cường và nâng cao chất lượng hoạt động Ban chỉ đạo liên ngành về VSATTP. Ðáng chú ý, nâng cao nhận thức và thực hành bảo đảm VSATTP của chính quyền các cấp, người sản xuất, người kinh doanh và người tiêu dùng sản phẩm. Kiện toàn và phát triển hệ thống thanh tra chuyên ngành VSATTP. Xây dựng kế hoạch kiểm tra, tăng cường tổ chức các đoàn kiểm tra, thanh tra theo từng chuyên đề vào các thời kỳ cao điểm, đặc biệt  đối với nhóm thực phẩm có nguy cơ cao.  Kiểm soát VSATTP nhập khẩu và vật tư phục vụ sản xuất nông nghiệp, thủy sản. Tăng cường phối hợp với các cơ quan chuyên môn điều tra xác định nguyên nhân, xử lý vi phạm các quy định ATTP gây ngộ độc thực phẩm. Xây dựng chiến  lược đào tạo thanh tra chuyên ngành về ATTP.